Organem Założycielskim i sprawującym nadzór nad Wojewódzkim Szpitalem Dziecięcym im. J. Brudzińskiego
w Bydgoszczy jest Samorząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego.

Podstawa prawna:

- art. 47 ust. 1 ustawy z dnia 13 października 1998 r. - Przepisy wprowadzające ustawy reformujące administrację publiczną (Dz. U. Nr 133, poz. 872, z późn. zm.),

- rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 22 czerwca 2001 r. w sprawie wykazu samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej, które zostały przejęte przez gminy, powiaty
i samorządy województw (Dz. U. Nr 65, poz. 659, z późn. zm.),

- § 2 Statutu Wojewódzkiego Szpitala Dziecięcego im. J. Brudzińskiego w Bydgoszczy.